Departamento de Biologia Vegetal da Faculdade de Ciências da Univ Lisboa Mestrado



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Departamento de Biologia Vegetal da Faculdade de Ciências da Univ Lisboa

Mestrado: 2º ciclo de Biologia Celular e Biotecnologia, Biologia Molecular e Genética e de Microbiologia Aplicada

Data limite: final de Maio.

Contacto: Maria do Céu Matias tel. 217500047  e-mail: maria.matias@fc.ul.pt

Informação necessária:

a)     Tema do projecto; Identificação e diferenciação de fungos filamentosos

b)     Identificação do orientador Maria Vitória San Romão/Rogério Renreiro

c)     Plano

Existe no laboratório uma colecção de fungos filamentosos isolados de cortiça (em várias fases do seu processamento fabril no fabrico de rolhas) e de águas. Esses fungos foram identificados pelas suas características morfológicas até ao género e encontram-se conservados a -20ºC.

Existem na colecção vários isolados de Penicillium, Aspergillus, Mucor, Trichoderma e Chrysonilia sitophila e cerca de 200 foram analisados por fingerprinting.

Neste trabalho pretende-se efectuar a diferenciação dos restantes por PCR fingerprinting, avaliar a viabilidade dos isolados, e proceder à sua confirmação por sequenciação de alguns genes alvo (18S, ITS, β- tubulina). Razão pela qual se admite aceitar 2 alunos.

Finalmente, os resultados obtidos serão incluídos numa base de dados contendo toda a informação obtida, de forma detalhada e complementada fotograficamente.


Actividades:
Tarefa 1 Reavaliação da identificação fenotípica de isolados de cortiça (≈ 150) e de águas (cerca de 200); (duração cerca de 5 meses)

  1. Repicagem de todos os isolados em 2 meios de cultura considerados mais adequados para a observação das caracteristícas morfológicas de cada grupo de fungos.

  2. Escolha, dentro de cada grupo de 2-4 isolados considerados diferentes. Nos casos em que o número de isolados é menor (2-3) escolher todos. Aos isolados escolhidos adicionar uma ‘type strain’ de cada um dos grupos a estudar.

  3. Identificação morfológica (macroscópica e microscópia de cada isolado), registo e fotografia

  4. Tratamento dos dados recorrendo a técnicas hierarquicas (Bionumerics, Applied Maths software) e respectivo agrupamento (dendogramas)



Tarefa 2 Identificação molecular e diferenciação dos isolados agrupados de forma significativa (duração cerca de 5 meses)


  1. Após extracção e amplificação do DNA de isolados escolhidos dentre os agrupados de forma significativa, serão usados diferentes Primers – ‘core’ sequencia do fago M13, sequencias (GACA)4, (GTG)5 ou (GAC)4 por forma a gerar os ‘fingerprints’ de cada isolado

  2. novamente, por recurso ao software Bionumerics (Applied Maths) os dados serão analisados - dendrograms de cada um dos géneros

  3. análise por sequenciação de regiões alvo do respectivo DNA 18S, (ITS1+5.8S rDNA+ITS2), β- tubulina, e respectiva comparação das sequências obtidas com as disponíveis em bases de dados (BLAST)


Tarefa 3 Conservação dos isolados identificados a -20 e -80ºC
Tarefa 4 Construção de uma base de dados contendo toda a informação obtida, de forma detalhada e complementada fotograficamente
As tarefas 3 e 4 serão desenvolvidas em simultâneao com as tarefas 1 e 2, de acordo com a evolução do trabalho.

d)     Duração aproximada 12 meses

e)     Local de realização - Local de realização do trabalho - IBET (Av da República, Quinta do Marquês-EAN, 2784-505 Oeiras) e ICAT-BioFig, FCUL (Campus da FCUL, Campo Grande, 1749-016 Lisboa

f)      Número de alunos por projecto - 2



Apartado 12 – 2781-901 Oeiras- Portugal

Tel. +351 21 442 77 87 / 21 442 11 73

Fax. +351 21 442 11 61

www.ibet.pt



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